Wasdak

Tugas Pengawasan dan Penindakan tidak terdapat dalam struktur Organisasi Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta. Namun fungsi Wasdak tetap diperlukan untuk : 

1. Pengawasan dan penindakan karantina hewan mempunyai tugas melakukan urusan pengawasan dan penindakan pelanggaran peraturan perundang- undangan dibidang karantina hewan dan keamanan hayati hewani.
2. Pengawasan dan penindakan karantina tumbuhan mempunyai tugas melakukan urusan pengawasan dan penindakan pelanggaran peraturan perundang- undangan dibidang karantina tumbuhan dan keamanan hayati nabati.

Dalam melaksanakan tugas pengawasan dan penindakan maka diterbitkan Surat Keputusan Kepala Balai dalam bidang kewasdakan. Tugas kewasdakan dipimpin oleh Kepala Seksi Karantina Tumbuhan yang melibatkan  pegawai yang kompeten dan pihak eksternal diantaranyai :

1. Penyidik Pegawai Negeri Sipil (PPNS)
2. Intelejen Karantina
3. Polisi Khusus Karantina
4. Reskrim Polisi Daerah DI Yogyakarta

Prosedur kerja penyidikan dan penanganan perkara