Pada awalnya, di Yogyakarta terdapat 2 (dua) UPT Badan Karantina Pertanian, yakni Stasiun Karantina Tumbuhan Kelas II Adisucipto dan Stasiun Karantina Hewan Kelas II Adisucipto. Seiring perkembangan organisasi, berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22 Tahun 2008, kedua UPT tersebut dilebur menjadi satu dan menjadi eselon III dengan nama Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta yang dipimpin oleh Kepala Balai.

Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta merupakan unit pelaksana teknis di bidang karantina hewan dan tumbuhan yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Kepala Badan Karantina Pertanian, Departemen Pertanian. Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta dipimpin oleh seorang Kepala Balai berdasarkan Peraturan Menteri Pertanian nomor : 61/Permentan/OT.140/10/2010 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian, tugas pokok Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta adalah melaksanakan kegiatan operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan serta pengawasan keamanan hayati hewan dan nabati.

Dalam melaksanakan tugas tersebut Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

  1. Penyusunan rencana, evaluasi dan pelaporan.
  2. Pelaksanaan Pemeriksaan, Pengasingan, Pengawasan, Perlakuan, Penahanan, Penolakan, Pemusnahan dan Pembebasan Media Pembawa Hama Penyakit Hewan Karantina (HPHK) dan Organisme Pengganggu Tumbuhan Karantina (OPTK);
  3. Pelaksanaan Pemantauan Daerah Sebar HPHK dan OPTK
  4. Pelaksanaan Pembuatan Koleksi HPHK dan OPTK
  5. Pelaksanaan pengawasan keamanan hayati, hewani, dan nabati;
  6. Pelaksanaan Pemberian Pelayanan Operasional Karantina Hewan dan Tumbuhan
  7. Pelaksanaan pemberian pelayanan Operasional Keamanan Hayati Hewani dan nabati
  8. Pengelolaan Sistem Informasi, dokumentasi dan sarana teknik Karantina Hewan dan Tumbuhan
  9. Pelaksanaan Pengawasan dan Penindakan Pelanggaran Peraturan Perundang-undangan di bidang Karantina Hewan, Karantina Tumbuhan dan Keamanan Hayati Hewani dan Keamanan Hayati Nabati;
  10. Pelaksanaan unsur Tata Usaha dan Rumah Tangga
Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta yang berdiri
berdasarkan
Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.210/4/2008
tentang
Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Per
tanian, adalah
merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis yang berada dibawah
dan
bertanggungjawab kepada Kepala Badan Karantina Pertanian
Balai Karantina Pertanian Kelas II Yogyakarta yang berdiri
berdasarkan
Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.210/4/2008
tentang
Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Per
tanian, adalah
merupakan salah satu Unit Pelaksana Teknis yang berada dibawah
dan
bertanggungjawab kepada Kepala Badan Karantina Pertanian